故事发生在一个炼金术相当发达的世界,在这个世界的“炼金术”,是以理解物质的内在的法则:理解,分解,再构造成立,进行炼金术必须按照“等价交换”法则:为了获得某种东西,需要以同等的代价交换,代价不够的话便需要以自己的任何部份(身体的一部分、记忆等等)被作为代价的填补而被拿走。
爱德华·艾尔利克和他弟弟阿尔冯斯·艾尔利克十分思念在他们还小的时候亡故的母亲,为了再次见到母亲,进行了炼金术中最大的禁忌——人体炼成。可是因为炼成时的反噬,阿尔则失去了全身,爱德失去了左脚,为了换回弟弟,爱德华牺牲自己的右手作为代价将弟弟的灵魂炼成,并将弟弟阿尔冯斯的灵魂固定在一副铠甲上。从此爱德华和阿尔冯斯为了取回他们所失去的一切,开始踏上了找回自己身体的旅程。
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